يتكون الهيكل العام للوزارة من ديوانها العام وفروعها ومكاتبها وإداراتها في أمانة العاصمة ومحافظات الجمهورية .
* يتبع الوزير مباشرة ما يلي :
-
الهيئات والمؤسسات والشركات التابعة .
-
بنك التسليف الزراعي والتعاوني .
-
المستشارون .
-
مجلس الوزارة .
-
مكتب الوزير .
-
فروع ومكاتب الوزارة في المحافظات .
* يتكون البناء التنظيمي للوزارة من القطاعات والتقسيمات التنظيمية التالية :
أ- قطاع الإنتاج النباتي والحيواني . ويتكون من الإدارات العامة التالية :
-
الإدارة العامة للإنتاج النباتي .
-
الإدارة العامة للثروة الحيوانية .
-
الإدارة العامة لوقاية النباتات .
-
الإدارة العامة للتسويق الزراعي .
-
الإدارة العامة للغابات والمراعي .
ب - قطاع الموارد المائية ويتكون من الإدارات العامة التالية :
-
الإدارة العامة للموارد المائية .
-
الإدارة العامة للري وصيانة المنشآت المائية .
ج - قطاع الشئون المالية و الإدارية: ويتكون من الإدارات العامة التالية :
-
الإدارة العامة لشئون الموظفين والتدريب .
-
الإدارة العامة للشئون المالية .
-
الإدارة العامة للسكرتارية والخدمات الإدارية .
د - الإدارات العامة التالية :
-
الإدارة العامة للتخطيط والمتابعة.
-
الإدارة العامة للشئون القانونية .
-
الإدارة العامة للإحصاء والتوثيق الزراعي.
-
الإدارة العامة للعلاقات والأعلام الزراعي.
-
الإدارة العامة لشئون الهيئات والمؤسسات.
* يرأس كل قطاع وكيل وزارة وكل إدارة عامة مدير عام .
* يصدر بقرار من الوزير التقسيمات التنظيمية الفرعية للإدارات العامة ، وبعد موافقة وزارة الخدمة المدينة والإصلاح الإداري .
* يحدد المستوى التنظيمي لمكتب الوزير بإدارة عامة ويصدر بتحديد اختصاصاته ومهامه قرار من الوزير .