يتكون الهيكل العام للوزارة من ديوانها العام وفروعها ومكاتبها وإداراتها في أمانة العاصمة ومحافظات الجمهورية .
* يتبع الوزير مباشرة ما يلي:
-
المجلس الأعلى للأوقاف والإرشاد . ويصدر بتشكيله وتحديد مهامه واختصاصاته قرار جمهوري بناء على عرض من الوزير .
-
المعهد العالي للإرشاد . ويصدر بتحديد مهامه واختصاصاته قرار جمهوري .
-
مجلس الوزارة .
-
مستشار الوزارة . ويختص بتقديم المشورة في القضايا التي تحال إليه من قبل الوزير.
-
مكتب الوزير .
* يتكون البناء التنظيمي للوزارة من القطاعات والتقسيمات التنظيمية التالية:
أولا . قطاع الأوقاف : ويتكون من الإدارات العامة التالية .
-
الإدارة العامة لشئون المساجد .
-
الإدارة العامة للمشاريع .
-
الإدارة العامة للأعيان والعائدات .
-
الإدارة العامة للوصايا وأوقاف الترب والصحة .
ثانيا : قطاع الإرشاد : يتكون من الإدارات العامة التالية :
ثالثا : الإدارات العامة النمطية : وتتكون من الآتي :
-
الإدارة العامة للإحصاء والتخطيط والمتابعة .
-
الإدارة العامة لشئون الموظفين والسكرتارية .
-
الإدارة العامة للشئون المالية والتجهيزات والصيانة .
-
الإدارة العامة للشئون القانونية.
* يرأس كل قطاع وكيل وزارة ، وكل إدارة عامة مدير عام.
* يصدر بقرار من الوزير التقسيمات التنظيمية الفرعية للإدارات العامة بعد موافقة وزارة الخدمة المدنية والإصلاح الإداري .
* يحدد المستوى التنظيمي لمكتب الوزير بإدارة عامة ، ويصدر بتحديد اختصاصاته قرار من الوزير .